专门管辖，是指各种专门人民法院审判刑事案件的职权范围。它解决的是什么刑事案件应当由什么专门人民法院审判的问题。

依据人民法院组织法的规定，国内设立军事法院等专门人民法院。现在已打造的受理刑事案件的专门人民法院有军事法院、铁路运输法院。

刑事诉讼法第27条规定：“专门人民法院案件的管辖另行规定。”在司法实践中，军事法院管辖的刑事案件，主如果现役军人和军内在编职工违反刑法分则第十章，犯军人违反职责罪的犯罪案件。铁路运输法院管辖的刑事案件，主如果铁路运输系统公安机关负责侦破的刑事案件，如风险和破坏铁路交通和安全设施的犯罪案件，在火车上发生的犯罪案件，铁路职工违反规章规范、玩忽职守导致紧急后果的犯罪案件等。

司法实践中，存在军队和地方互涉案件的管辖权争议问题，应该依据有关的司法讲解，分别不同状况处置：

1．现役军人和非军人一同犯罪的，分别由军事法院和地方人民法院管辖；涉及国家军事秘密的，全案由军事法院管辖。

2．地方人民法院或者军事法院以外的其他专门法院管辖以下案件：

非军人、随军家属在部队营区犯罪的；

军人在办理退役手续后犯罪的；

现役军人入伍前犯罪的；

退役军人在服役期内犯罪的。