因为土地确权案件主要涉及第三人的利益,假如行政机关确定错误损失第三人合法利益是需要承担有关的赔偿责任的，此时有关第三人应该准时通过行政复议来维权，由于涉及土地确定是先通过行政复议前置程序才能起诉的。

府机关确权错误损害第三人利益的情形，原则上赔偿直接损失，具体说：

因违法推行行政许可给当事人合法权益导致损害的，行政机关应当对受害人的直接损失承担赔偿责任，“直接损失”包含：停产停业期间的常常性成本开支;财产价值的减损;参加招标、投标等程序的先期投入;与个生活存技能有关的许可证被吊销或扣押期间的收入等。

与第三人恶意串通违法审批给当事人导致损害的，由行政机关负赔偿责任;第三人提供不真实申请材料，但行政机关怠于履行审察职责给当事人导致损害的，由行政机关承担与其违法行为相适应的赔偿责任。经调解，行政机关确定的补偿数额明显偏低时，法院可直接判决补偿的具体数额。

现行行政诉讼法虽然设立了第三人规范，但对第三人能否提出独立的诉讼请求没明确规定，以至致使人民法院在只须原告启动诉讼程序时即时被诉具体行政行为是不是合法进行全方位审察，第三人的举证对被诉具体行政行为的审察是不是有参考用途法律规定态度不明，从而忽略了第三人的利益。

以土地确权案件为例，第三人对土地的占有、用是基于被告的审批、确认，为维护法律秩序和社会生活的稳定，为禁止政府行为反复无常，信守承诺应该对相对人因信任政府而获得的利益予以保护，这是行政法信任利益保护原则的应有之义。因此，行政审判应该关注第三人基于对被告的信赖而获得的财产或其他方面的利益保护，不可以因被告的违法行为而承担事实上的损失。在不服颁发土地证的土地确权案件中，实践中一般不作土地争议理解，更容易忽略第三人的利益。尤其是在当事人已修房盖屋的状况下，撤销证件将会带来更大的社会隐患。

假如行政机关土地确权过程中涉及到第三人权益的，而第三人不服的，建议最好还是找个行政确权专业的律师咨询一下。